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制药与化学工程学院成立于2007年，依托东南大学“化工，材料，医药，生物，能源，控制“等学科支撑和历史积淀，紧密结合我省相关产业发展需求，发挥毗邻相关产业基地的独特地理优势，培养高素质化工与制药类应用型本科人才。现设有化学工程与工艺、制药工程、药事管理三个本科专业，另设立化工自动化、药品质量控制技术等专业方向，目前在校学生900余人。
学院建有“化学实验中心”，仪器设备先进，建有基础化学系列、化工原理、反应及分离工程、高分子材料及加工、药物化学及药物合成、药物制剂及药物分析、生物制药、天然药物、制药工艺等十余个专业实验室和大学生实践创新实验室，配备红外光谱、紫外光谱、气相色谱、高效液相色谱、分子荧光光谱、原子吸收光谱、热重分析、电分析等先进仪器设备，满足学生实验教学和实践创新需求。
学院积极开展产学研合作，已建立多个稳定的校外实践教学基地，与中石化扬子公司、中石化南化研究院、南京化工园区、南京高新技术开发区、南京生物医药谷、镇江化工园区、滨海沿江工业园、太仓生物医药产业园、泰州药城等业内著名企业和产业园区开展校企合作，联合办学，着力提升学生工程实践能力。
学院紧密依托母体高校支持，已成立应用化学、化工新材料、化工过程、环保科技等联合研发机构，被列为院重点建设专业，获准成为”教育部化学工程与工艺专业教指委独立学院指导小组”成员单位，东南大学化学化工学院研究生生源基地，学科建设和人才培养取得长足进展。近年来毕业生就业率达100%，平均考研率达15-20%。
1.化学工程与工艺专业
该专业是为了适应新世纪化学工业的发展需求而设置的一个厚基础、宽口径、适应性强的专业。本专业重视基础理论和专业技术知识的教学，强化实验技能、工程实践、计算机和外语应用能力训练，培养具备化学工程与化学工艺方面的基本理论、专业知识、满足行业发展需求的高素质应用型本科人才。
为适应产业结构调整，转型升级需要，加速工业化与信息化的融合进程，本专业设立“化工自动化”方向，开设化工过程模拟与优化、过程控制系统及工程、过程控制装置及仪表、电气及可编程控制等相关控制学科系列课程和实践环节，校企联合培养化工过程控制与自动化的复合型人才，具有广阔的发展前景和就业优势。
毕业生可在化工、医药、材料、能源、轻工、环保等行业从事生产技术管理、产品开发、工程设计、过程控制及自动化，市场营销、企业管理、科学研究等工作。
2.制药工程专业
制药工程专业属于药学、化学、化工、生物技术等专业的新兴交叉学科和朝阳产业，也是人才需求热门的方向之一。该专业培养学生具有相关学科的基本理论、基本知识及实验实践技能，掌握新药研究与开发的方法与技术，强调制药工艺和工程技术的结合，强化工程应用和创新能力的培养。
为适应药品安全等社会需求，本专业还设有“药品质量控制技术”方向，该方向是制药工程与药品安全技术相结合的新兴专业方向，培养学生掌握药物分析、药品检验、药品生产质量管理与过程质量控制的基本知识，具备进行药品工业化生产、全程质量管理及各类药品检验分析的基本能力。
该专业就业前景广阔，毕业生可在医药、农药、生化、食品、轻工、药品检验、贸易等行业，从事药品生产技术开发、新药研发、药品营销、企业管理及药品质量控制和质量管理等工作。
3.药事管理专业
为适应现代医药卫生事业发展需要，依托东南大学相关药学、临床医学、管理学、法学等学科综合优势，经国家教育部批准，设立药事管理专业，授予理学学士学位。
药事管理专业是现代药学、管理学、法学、经济学等学科相互交叉结合的新兴特色专业，是现代药学学科的新兴分支和重要组成部分，该专业培养能熟练运用药事管理学科的相关理论和方法，研究药学实践和管理规律，具有对医药社会问题进行分析、评估、研究、解决基本能力的高级复合型人才。
毕业生可在各级药品监督管理部门、药品及食品检验部门、卫生行政管理部门、药品生产及流通企业、药房、医药科研院所、医疗卫生机构、社会保障部门等从事药品行政监督管理、药品质量控制、药品营销等工作，具有广阔的发展前景和就业优势。
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